Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 10

Głębokie glejaki w gromadzie M1, które miały IDH typu dzikiego i były stopnia II miały niskie rozpowszechnienie mutacji i zmian liczby kopii, i nie miały mutacji promotora TERT, co potencjalnie wskazuje, że są one odrębnymi jednostkami patologicznymi. Mutacje promotora TERT były obecne w 64% wszystkich glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego; gdy glejaki niższego stopnia M1 zostały wyłączone z analizy, mutacje promotora TERT były obecne w 80% pozostałych mutacji, częstość występowania podobna do tej w pierwotnym glejaku. Przegrupowania genomowe i transkrypty fuzyjne
Przebadaliśmy 20 próbek przy użyciu sekwencjonowania całego genomu o dużym zasięgu, 50 próbek z sekwencjonowaniem całego genomu o niskim zakresie pokrycia i 311 próbek z sekwencjonowaniem całego egzomu, dla strukturalnych wariantów chromosomów (np. Translokacji i inwersji); odkryliśmy, z dużą pewnością, 250 przegrupowań chromosomowych (Tabela S5 [Dodatek Aneks 4]). Ponadto 19 próbek miało dowody na istnienie pozachromosomalnych struktur DNA znanych jako podwójne minuty chromosomów – regiony wzbogacone w punkt przerwania (DM-BER) (tabela S5 [dodatek dodatkowy 4] i rys. S17 w dodatkowym dodatku 1). Spośród nich 15 wystąpiło w glejakach niższego stopnia z IDH typu dzikiego (27% próbek) (Figura 5A), o częstotliwości podobnej do obserwowanej u glejaka (23%) 41.42 W analizie danych sekwencjonowania RNA , zidentyfikowaliśmy transkrypty fuzyjne w 265 glejakach niższego stopnia (Tabela S6 [Dodatek Aneks 5]), a korelacja ze strukturalnymi wariantami genomowymi sugeruje chimeryczną transkrypcję dla 44% szybkich zmian chromosomów, w tym dwóch fuzji EGFR (Figura 5B), i dla 58% DM-BERs.43,44 Na kilka genów (EGFR, FGFR3, NOTCH1, ATRX i CDK4) wpłynęły fuzje w wielu próbkach (ryc. S18A i S18B w dodatkowym dodatku 1). Fuzje, które zgodnie z przewidywaniami aktywowały EGFR i FGFR3 były ograniczone do glejaków o niższym stopniu złośliwości z IDH typu dzikiego i odnotowano je na częstotliwościach podobnych do glioblastomy (odpowiednio 7% i 3%) (Fig. S18A, S18B i S19 w Dodatek Dodatek 1) .45,46 Nowy chimeryczny transkrypt FGFR3-ELAVL3 obejmował ten sam punkt przerwania, co uprzednio podano dla fuzji FGFR3-TACC3 i był wysoce ekspresjonowany, co sugeruje, że mógłby on mieć podobny wpływ na funkcję FGFR3. Trzy próbki zawierały fuzje między EGFR i międzygenowymi lub intronowymi regionami chromosomu 7, które, według przewidywań, usuwają domenę autofosforylacji EGFR i prawdopodobnie są onkogenne (Fig. S18 w Suplemencie Dodatku 1) .47 Fuzje obejmujące geny kodujące receptorowe kinazy tyrozynowe były głównie cechą glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego; tylko dwa niższe glejaki z mutacją IDH i bez kodowania p / 19q zawierały takie fuzje (obejmujące PDGFRA i MET), a żadne nie zostały zidentyfikowane wśród glejaków niższego stopnia z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q.
Ekspresja białka
Analiza RPPA dała w wyniku profile ekspresji białka, które wykazały uderzającą segregację glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego od tych ze zmutowanym IDH, jak również aktywację szlaków receptorowej kinazy tyrozynowej (takich jak szlak EGFR) w guzach z dzikimi typu IDH, który zapewnia dodatkowe wsparcie dla biologicznego podobieństwa między glejakami niższego stopnia z IDH typu dzikiego i glejakiem (ryc.
[przypisy: osteopatia Warszawa, przeszczep chondrocytów, adapalen ]

Powiązane tematy z artykułem: adapalen osteopatia Warszawa przeszczep chondrocytów