Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 3

Uzyskano odpowiednią zgodę właściwych komisji weryfikacyjnych, które koordynowały proces zgody w każdym miejscu pochodzenia tkanki; wszyscy uczestnicy otrzymali pisemną świadomą zgodę. Wiek pacjentów, lokalizacje nowotworów, historie kliniczne i wyniki leczenia, histologiczne klasyfikacje nowotworów i klasy nowotworów były typowe dla dorosłych z rozpoznaniem glejaka rozproszonego.1,2 Platformy analityczne
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie exome (289 próbek), profilowanie liczby kopii DNA (285), sekwencjonowanie matrycowego RNA (mRNA) (277), sekwencjonowanie mikroRNA (293), profilowanie metylacji DNA (289), sekwencjonowanie promotora TERT (287) i rewersja profilowanie macierzy lizatów białkowych (RPPA) (255) .22 Kompletne dane dla wszystkich platform były dostępne dla 254 próbek. Sekwencjonowanie całego genomu i sekwencjonowanie całego genomu o niskiej długości przeprowadzono na odpowiednio 21 i 52 próbkach. Dane molekularne zostały zamrożone 31 stycznia 2014 r., A dane kliniczne zostały zamrożone 25 sierpnia 2014 r. Przeprowadziliśmy również analizę bez nadzoru (tj. Analizę, w której kategorie nie są znane przed obliczeniem), która zintegrowała wyniki z wielu platform, w tym klaster klastrów (CoC) i OncoSign.23 W skrócie, CoC jest klastrowaniem na poziomie drugiego poziomu przydziału klas pochodzących z każdej indywidualnej platformy molekularnej. OncoSign klasyfikuje guzy na podstawie podobieństw w nawracających mutacjach i zmianach liczby kopii.
Pełne zestawy danych znajdują się w tabeli S1 (dodatek dodatkowy 2). Główne pliki sekwencji są zdeponowane w CGHub (https://cghub.ucsc.edu); wszystkie inne dane, w tym pliki adnotacji mutacji, są zdeponowane w Centrum Koordynacji Danych Raka Genomu Rak (http://cancergenome.nih.gov). Listy próbek, matryce danych i dane pomocnicze są dostępne na stronie publikowania glejaków o niższym stopniu złośliwości w Cancer Genome Atlas (https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/lgg_2015).
Analiza statystyczna
Analiza statystyczna obejmowała dokładny test Fishera dla asocjacji zmiennych jakościowych, jednostronną analizę wariancji dla asocjacji z wynikami ciągłymi, szacunki Kaplan-Meier dotyczące przeżycia z testami log-rank wśród warstw oraz regresję proporcjonalnych hazardów Coxa dla modeli z wieloma predykcjami przeżycia. Pełny opis metod znajduje się w Dodatkowym dodatku 1.
Wyniki
Podtypy histologiczne i molekularne
Aby porównać wyniki z platform molekularnych z klasyfikacją histologiczną i klasyfikacją opartą na markerach często stosowanych w praktyce klinicznej (mutacja IDH i kodowanie 1p / 19q), zaklasyfikowaliśmy glejaki niższego stopnia do trzech kategorii: glejaki z mutacją IDH i 1p / 19q kodek, glejaki z mutacją IDH i brak kodowania 1p / 19q oraz glejaki z IDH typu dzikiego
[hasła pokrewne: gabinet medycyny estetycznej kraków, gsk dla aptek, usuwanie przebarwień kraków ]

Powiązane tematy z artykułem: gabinet medycyny estetycznej kraków gsk dla aptek usuwanie przebarwień kraków