Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 4

Znaleziono silną korelację między obecnością mutacji IDH i kodowaniem 1p / 19q a klasą histologiczną oligodendrygramu (69 z 84 próbek), co jest zgodne z wcześniejszymi badaniami. 24, 25 próbek glejaka z mutacją IDH i bez kodowania p / 19q (139 próbek, 50% kohorty) stanowiło mieszaninę klas histologicznych, ale wzbogacono ją o gwiaździaki i oligo-rytocyty. Próbki IDH typu dzikiego były głównie gwiaździakami (31 z 55 próbek) i glejakami stopnia III (42 z 55 próbek), ale ta grupa obejmowała inne klasy histologiczne i stopnie. Ogólnie klasyfikacja w oparciu o status IDH-1p / 19q silnie korelowała z klasą histologiczną oligodendrogleju, ale tylko nieznacznie z gwiaździakiem i oligoastrocytoma. Wieloplatformowa analiza integracyjna
Aby określić, czy zaawansowane profilowanie molekularne może podzielić glejaki niższego stopnia na odrębne zbiory, które są związane z biologiczną charakterystyką choroby, przeprowadziliśmy nienadzorowane grupowanie danych molekularnych pochodzących z czterech niezależnych platform i znaleźliśmy dobrze zdefiniowane klastry oparte na metylacji DNA (pięć skupisk) (Rys. S1 do S5 w Uzupełniającym Dodatku 1), ekspresja genu (cztery skupienia) (Rys. S6 i S7 w Uzupełniającym dodatku i Tabela S7 [Uzupełniający Dodatek 6]), numer kopii DNA (trzy skupienia) (Ryc. S8 w Dodatek dodatkowy 1) i ekspresja mikroRNA (cztery klastry) (rys. S9 i S10 w dodatkowym dodatku i tabela S8 [dodatek dodatkowy 7] i tabela S9 [dodatek dodatkowy 8]).
Rysunek 1. Rysunek 1. Analiza klastrów (CoC). Wyniki analiz wieloplatformowych wskazują na podtypy biologiczne zdefiniowane przez mutację IDH i stan kodowania 1p / 19q. Analiza CoC wykorzystuje przypisania klastrów pochodzące z poszczególnych platform molekularnych do stratyfikacji nowotworów, integrując w ten sposób dane z analizy matrycowego RNA (mRNA) (oznaczonego przez R na osi y), mikroRNA (mi), metylacji DNA (M) i liczby kopii (DO). Dla każdej próbki członkostwo w konkretnym klastrze jest oznaczone żółtym znacznikiem, a niemagrupa jest oznaczona niebieskim znacznikiem. Analiza CoC zaowocowała silnym rozwiązaniem trzyklasowym, a porównanie ścieżek dla klastra consensus CoC ze ścieżkami dla klasy histologicznej i molekularnej wykazuje silniejszą korelację z klasą molekularną.
Aby zintegrować dane i porównać otrzymane klasy biologiczne z klasami histologicznymi i podtypami opartymi na statusie IDH-1p / 19q, przydzielono grupy klastrów z czterech pojedynczych platform (metylacja DNA, mRNA, liczba kopii DNA i mikroRNA) do drugiego analiza poziomu CoC, w wyniku czego powstały trzy klastry CoC o charakterystycznych cechach biologicznych (rysunek 1)
[więcej w: młyny kulowe, bezdechy nocne leczenie, osteopatia Warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: bezdechy nocne leczenie młyny kulowe osteopatia Warszawa