Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 5

Znaleziono silną korelację między przypisaniem klastra CoC a podtypami molekularnymi zdefiniowanymi na podstawie statusu kodowania IDH-1p / 19q: większość glejaków o niższym stopniu złośliwości z IDH typu dzikiego znajdowało się w klastrze CoC, który zawierał klastra mRNA R2, klastra mikroRNA Mi3, Klastra metylacji DNA M4 oraz klaster liczby kopii DNA C2. Kolejny klaster CoC zawierał prawie wszystkie glejaki z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q i zawierał głównie gromady R3, M2 i M3 oraz C3. Trzeci klaster CoC był wysoko wzbogacony dla glejaków z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q i obejmował gromady R1, M5, C1 i Mi1. Aby określić względną siłę schematów klinicznych dla klasyfikacji glejaków niższego stopnia w wychwytywaniu biologicznych podgrup ujawnionych metodą analizy CoC, porównaliśmy korelację między podtypem IDH-1p / 19q a przypisaniem klastra CoC z korelacją między klasą histologiczną i klastrem CoC zadanie. Podczas gdy 90% próbek o określonym oznaczeniu IDH-1p / 19q mapowało jeden do jednego z przeważającym skupiskiem CoC, tylko 63% próbek w obrębie określonej klasy histologicznej wykazało to dominujące mapowanie. Co więcej, zgodność między stanem IDH-1p / 19q a przypisaniem klastra CoC była znacznie większa niż między podtypem histologicznym i przypisaniem klastra CoC (skorygowany indeks Rand, 0,79 vs. 0,19) (tabela S2E w dodatkowym dodatku 1), który wskazuje, że IDH Stan -1p / 19q oddaje charakterystykę biologiczną glejaków niższego rzędu z większą wiernością niż klasa histologiczna.
Mutacyjny krajobraz glejaków niższego rzędu
Wygenerowaliśmy zestaw mutacji konsensusowych z wykorzystaniem trzech algorytmów wywoływania mutacji (patrz sekcja Metody w Dodatkowym dodatku 1); dało to 9885 mutacji wykrytych w 289 próbkach (0,66 mutacji na megazasadę w regionach kodujących, mediana, 29 mutacji na próbkę [zakres, 0 do 597]). Próbki glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego miały więcej mutacji (mediana, 45) niż próbki z mutacją IDH i kodowaniem p / 19q (mediana, 27; P <0,001) lub te z mutacją IDH i bez 1p / Kodowanie 19q (mediana, 28; P <0,001) (ryc. S11, S12 i S13 w dodatkowym dodatku 1). Częstość występowania mutacji w glejakach niższego poziomu na pojedynczą próbkę była niższa niż w glioblastomie, wyższa niż w przypadku rdzeniaka zarodkowego, a pośrednia w spektrum nowotworów złośliwych z rakiem genu Cancer Genome (ryc. S11 w dodatkowym dodatku 1) .22 28
Ryc. 2. Ryc. 2. Mutacyjny krajobraz zmian somatycznych w glejakach niższego stopnia. Na górze rysunku współczynniki mutacji somatycznych u każdego pacjenta są stratyfikowane według niesynonimowych (niebieskich) i synonimicznych (zielonych) mutacji. W środkowej części figury pokazano kliniczne cechy związane z pacjentami
[więcej w: psychoterapia warszawa, badania psychologiczne, psycholog lublin ]

Powiązane tematy z artykułem: badania psychologiczne psycholog lublin psychoterapia warszawa