Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 8

Przeprowadzone badania pozwoliły zidentyfikować mutacje NOTCH1 w oligodendrogleju i gwiaździaku anaplastycznym; odnotowywaliśmy je najczęściej w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q, i rzadko były one identyfikowane w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q lub u osób z IDH typu dzikiego (rysunek 2) .29-31 Prawie wszystkie glejaki niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q (94%) zawierały mutacje TP53, co sugeruje, że ta klasa guza jest określona przez utratę funkcji p53. Inaktywacja zmian w ATRX była częsta (86%) i obejmowała mutacje (79%), delecje (3%), fuzję genów (2%) lub kombinację tych zdarzeń (2%) 19 mutacji promotora TERT było rzadkich (4 %), odkrycie zgodne z alternatywnym mechanizmem wydłużania telomerów, który jest związany z mutacjami ATRX. 32 Obserwowaliśmy dwa nowe znacząco zmutowane geny w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q: remodeler SWI / SNF chromatyny SMARCA4 (w 6% z tych glejaków), który był wcześniej zamieszany w progresję glejaka, 36 i czynnik inicjacji translacji EIF1AX (w <1%), który był wcześniej udokumentowany w czerniaku jabłkowym37 (Figura 2 i Tabela S4 w Dodatkowym dodatku ). Niektóre glejaki niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q miały ogniskowe zyski 4q12, locus przechowujące PDGFRA, który koduje receptorową kinazę tyrozynową; 12q14, obejmujący CDK4, który koduje regulator cyklu komórkowego; lub 8q24, szeroki amplikon, który zawiera MYC (Fig. S14A w Suplemencie Dodatkowym 1). Odkrycia te są zgodne z tymi we wcześniejszych badaniach glioblastoma podźwiękowego ze zmutowanym IDH1 (w odniesieniu do amplifikacji MYC) i z IDH1 typu dzikiego (w odniesieniu do amplifikacji CDK4 i PDGFRA) .22 Guzy histologiczne stopnia III w tym podzbiorze miały większe częstotliwości Straty chromosomu 9p i 19q oraz zyski 10 pensów (Figura 5A), jednak profile mutacyjne nie różniły się istotnie pomiędzy klasami (Fig. S21B w Suplemencie Dodatkowym 1). W klasie glejaków niższego stopnia z mutacją IDH, nasza analiza wieloplatformowa sugeruje, że istnieje progresja molekularna, która rozpoczyna się od początkowej mutacji IDH i nabycia fenotypu metylacji wyspy glejaka CpG (G-CIMP, specyficzny wzorzec szeroko rozprzestrzenionej hipermetylacji DNA ) i następuje kodowanie 1p / 19q lub mutacja TP53.19,31,38
Sieci sygnalizacyjne w Glejaku Mniejszej Klasy
Aby włączyć mutacyjne krajobrazy do nienadzorowanej klasyfikacji wieloplatformowej, przeprowadziliśmy analizę OncoSign23 z wykorzystaniem 70 wybranych zdarzeń genetycznych (mutacja i zmiana liczby kopii) i zidentyfikowaliśmy cztery dominujące podtypy (OSC1 do OSC4), które ponownie w dużym stopniu podsumowały te zdefiniowane przez IDH-1p / 19q status (skorygowany indeks Rand, 0,83) (rysunek 3 i tabela S2E w dodatkowym dodatku 1)
[więcej w: psycholog poznań, psychiatra poznań, psycholog dziecięcy ]

Powiązane tematy z artykułem: psychiatra poznań psycholog dziecięcy psycholog poznań