Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 9

OSC1 jest silnie skorelowany z glejakami niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q, a OSC4 zawiera wyłącznie glejaki niższego stopnia z IDH typu dzikiego. Grupa z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q zawierała niższe glejaki niższego rzędu OSC2 i OSC3, które różniły się od siebie mutacjami w CIC, FUBP1 i NOTCH1, ale nie różniły się zasadniczo pod względem oceny stopnia złośliwości lub wyniku dla pacjenta . Konkordancja pomiędzy stanem IDH-1p / 19q a klasami opartymi na dwóch różnych wieloplatformowych podejściach do integracji danych genomowych (CoC i OncoSign) jest uderzająca i kontrastuje ostro ze znacznie słabszą korelacją pomiędzy histologicznymi podtypami i nienadzorowanymi klasami multiplatformowymi (Tabela S2E w Dodatkowym dodatku ). Stwierdzenie, że szeroko dostępne markery (IDH i 1p / 19q) mogą być stosowane do klasyfikacji glejaków o niższym stopniu trudności, z wynikami podobnymi do uzyskanych w wyniku nienadzorowanej stratyfikacji danych cząsteczkowych genomewidu, zapewnia obiektywne, oparte na danych uzasadnienie użycia IDH i 1p / Markery 19q do identyfikacji klas chorób glejaków o niższym stopniu zaawansowania i do włączenia ich do współczesnego klasyfikatora klinicznego.11,14,39,40 Glejaki niższego stopnia i glioblastoma z IDH typu dzikiego
Mutacje w siedmiu genach były silnie związane z glejakami niższego stopnia, które miały IDH typu dzikiego. Pięć z tych genów zostało zmutowanych w glejaku: PTEN (w 23% niższych glejaków z IDH typu dzikiego), EGFR (w 27%), NF1 (w 20%), TP53 (w 14%) i PIK3CA (w 9%) .22 Odkryliśmy również nowe mutacje w PTPN11, które kodują białko niereceptorowe fosfatazy tyrozynowej 11 (w 7%), oraz w PLCG1, który koduje fosfolipazę C gamma (w 5%) (Figura 2) . Podobnie, zmiany liczby kopii w guzach z IDH typu dzikiego różniły się od glejaków niższego stopnia ze zmutowanym IDH i zamiast tego przypominały glioblastomy z IDH typu dzikiego (Figura 5A). W szczególności, zyski chromosomu 7 i delecje chromosomu 10 współwystępowały w ponad 50% guzów tego podtypu (zyski chromosomu 7, 56%, delecje chromosomu 10, 63%), jednak zmiany te były nieobecne w grupach ze zmutowanymi IDH. Powtarzające się ogniskowe amplifikacje zawierające EGFR, MDM4 i CDK4 (odpowiednio w 38%, 13% i 7% guzów) oraz ogniskowe delecje ukierunkowane na CDKN2A i RB1 (odpowiednio w 63% i 25%) były najczęstszą nabytą kopią. warianty liczbowe w glejakach niższego stopnia z IDH typu dzikiego, wyniki podobne do tych dla glejaków z IDH typu dzikiego (Figura 5B). Glejaki stopnia II z IDH typu dzikiego były niezbyt częste (13 przypadków), ale różniły się od tych, które były w stopniu III (ryc. S21C i S21D w Dodatkowym dodatku 1), ponieważ były silnie wzbogacone w dyskretny klaster metylacji DNA M1 (rysunek i ryc
[przypisy: psychiatra poznan, gdynia psycholog, rezonans magnetyczny ]

Powiązane tematy z artykułem: gdynia psycholog psychiatra poznań rezonans magnetyczny