Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 9

OSC1 jest silnie skorelowany z glejakami niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q, a OSC4 zawiera wyłącznie glejaki niższego stopnia z IDH typu dzikiego. Grupa z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q zawierała niższe glejaki niższego rzędu OSC2 i OSC3, które różniły się od siebie mutacjami w CIC, FUBP1 i NOTCH1, ale nie różniły się zasadniczo pod względem oceny stopnia złośliwości lub wyniku dla pacjenta . Konkordancja pomiędzy stanem IDH-1p / 19q a klasami opartymi na dwóch różnych wieloplatformowych podejściach do integracji danych genomowych (CoC i OncoSign) jest uderzająca i kontrastuje ostro ze znacznie słabszą korelacją pomiędzy histologicznymi podtypami i nienadzorowanymi klasami multiplatformowymi (Tabela S2E w Dodatkowym dodatku ). Stwierdzenie, że szeroko dostępne markery (IDH i 1p / 19q) mogą być stosowane do klasyfikacji glejaków o niższym stopniu trudności, z wynikami podobnymi do uzyskanych w wyniku nienadzorowanej stratyfikacji danych cząsteczkowych genomewidu, zapewnia obiektywne, oparte na danych uzasadnienie użycia IDH i 1p / Markery 19q do identyfikacji klas chorób glejaków o niższym stopniu zaawansowania i do włączenia ich do współczesnego klasyfikatora klinicznego.11,14,39,40 Glejaki niższego stopnia i glioblastoma z IDH typu dzikiego
Mutacje w siedmiu genach były silnie związane z glejakami niższego stopnia, które miały IDH typu dzikiego. Pięć z tych genów zostało zmutowanych w glejaku: PTEN (w 23% niższych glejaków z IDH typu dzikiego), EGFR (w 27%), NF1 (w 20%), TP53 (w 14%) i PIK3CA (w 9%) .22 Odkryliśmy również nowe mutacje w PTPN11, które kodują białko niereceptorowe fosfatazy tyrozynowej 11 (w 7%), oraz w PLCG1, który koduje fosfolipazę C gamma (w 5%) (Figura 2) . Podobnie, zmiany liczby kopii w guzach z IDH typu dzikiego różniły się od glejaków niższego stopnia ze zmutowanym IDH i zamiast tego przypominały glioblastomy z IDH typu dzikiego (Figura 5A). W szczególności, zyski chromosomu 7 i delecje chromosomu 10 współwystępowały w ponad 50% guzów tego podtypu (zyski chromosomu 7, 56%, delecje chromosomu 10, 63%), jednak zmiany te były nieobecne w grupach ze zmutowanymi IDH. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 9”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 8

Przeprowadzone badania pozwoliły zidentyfikować mutacje NOTCH1 w oligodendrogleju i gwiaździaku anaplastycznym; odnotowywaliśmy je najczęściej w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q, i rzadko były one identyfikowane w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q lub u osób z IDH typu dzikiego (rysunek 2) .29-31 Prawie wszystkie glejaki niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q (94%) zawierały mutacje TP53, co sugeruje, że ta klasa guza jest określona przez utratę funkcji p53. Inaktywacja zmian w ATRX była częsta (86%) i obejmowała mutacje (79%), delecje (3%), fuzję genów (2%) lub kombinację tych zdarzeń (2%) 19 mutacji promotora TERT było rzadkich (4 %), odkrycie zgodne z alternatywnym mechanizmem wydłużania telomerów, który jest związany z mutacjami ATRX. 32 Obserwowaliśmy dwa nowe znacząco zmutowane geny w glejakach niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q: remodeler SWI / SNF chromatyny SMARCA4 (w 6% z tych glejaków), który był wcześniej zamieszany w progresję glejaka, 36 i czynnik inicjacji translacji EIF1AX (w <1%), który był wcześniej udokumentowany w czerniaku jabłkowym37 (Figura 2 i Tabela S4 w Dodatkowym dodatku ). Niektóre glejaki niższego stopnia z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q miały ogniskowe zyski 4q12, locus przechowujące PDGFRA, który koduje receptorową kinazę tyrozynową; 12q14, obejmujący CDK4, który koduje regulator cyklu komórkowego; lub 8q24, szeroki amplikon, który zawiera MYC (Fig. S14A w Suplemencie Dodatkowym 1). Odkrycia te są zgodne z tymi we wcześniejszych badaniach glioblastoma podźwiękowego ze zmutowanym IDH1 (w odniesieniu do amplifikacji MYC) i z IDH1 typu dzikiego (w odniesieniu do amplifikacji CDK4 i PDGFRA) .22 Guzy histologiczne stopnia III w tym podzbiorze miały większe częstotliwości Straty chromosomu 9p i 19q oraz zyski 10 pensów (Figura 5A), jednak profile mutacyjne nie różniły się istotnie pomiędzy klasami (Fig. S21B w Suplemencie Dodatkowym 1). Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 8”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 7

DM / HSR oznacza dwuminutowe chromosomy lub obszary jednorodnie zabarwione. Panel B pokazuje częstotliwości we wskazanych podtypach molekularnych LGG zdarzeń mutacyjnych, które są powszechnie spotykane w GBM z IDH typu dzikiego, w tym LGG z mutacją IDH i kodowaniem p / 19q (85 próbek), mutacją IDH i brakiem kodowania (141), i IDH typu dzikiego (56). SNV oznacza wariant pojedynczego nukleotydu i wariant strukturalny SV. Różnice częstości mutacji w zależności od stopnia złośliwości nowotworu przedstawiono na ryc. S21 w dodatku uzupełniającym 1. Zidentyfikowaliśmy istotne różnice w zmianach liczby kopii DNA i mutacjach genów wśród trzech podtypów molekularnych (rysunek 2, rysunek 3 i rysunek 4 oraz rys. S8 i S14 w dodatkowym dodatku 1, tabela S3 [dodatek dodatkowy 3] i tabela S4 w Uzupełniającym dodatku 1). Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 7”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 6

róbki od pacjentów zostały rozdzielone zgodnie z mutacją IDH i stanem kodowania 1p / 19q, z typami mutacji wskazanymi w określonych kolorach. NA oznacza nie dotyczy. Cztery główne klasy (klasy OncoSign [OSC]) można zidentyfikować za pomocą bezstronnego grupowania guzów na podstawie nawracających zmian liczby kopii, mutacji i fuzji genu. Kolor biały oznacza, że nie są dostępne żadne informacje. OsC są w dużej mierze zgodne z podtypami molekularnymi zidentyfikowanymi na podstawie mutacji IDH i stanem kodowania 1p / 19q, a także korelują z wynikami analizy pojedynczej platformy. Kombinacje wybranych zdarzeń genomowych, nazywane sygnaturami onkogennymi, charakteryzują każde OSC. Mała grupa próbek nie wykazała żadnych powtarzających się zdarzeń użytych w tej analizie i dlatego została zaklasyfikowana jako niesklasyfikowana. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 6”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 15

Bieżące pozyskiwanie i dojrzewanie szczegółowych danych dotyczących leczenia i wyników pomoże w wyznaczeniu markerów, które przewidują odpowiedź terapeutyczną. W międzyczasie jednak zastosowanie klasyfikacji molekularnej można zintegrować z innymi danymi klinicznymi, obrazami neuroobrazowymi i patologicznymi, aby opracować strategię leczenia dla poszczególnych pacjentów. Może się zdarzyć, że potrzebne są odrębne strategie terapeutyczne do skutecznej kontroli choroby w podtypach molekularnych glejaka niższego stopnia. Molekularne kryteria włączenia i stratyfikacja w projekcie badań klinicznych będą konieczne do jasnej interpretacji wyników poszczególnych terapii. Częstość występowania mutacji IDH w glejaku niższego rzędu zachęca do celowania zarówno samych zmutowanych enzymów, jak i ich następczych konsekwencji metabolicznych i epigenomicznych, takich jak G-CIMP.52. Mutacje w ATRX, CIC i FUBP1 dopiero niedawno zaangażowano w patogenezę raka, jednak ich specyficzność i rozpowszechnienie w glejaku niższego stopnia z mutacją IDH wspierają główne role w onkogenezie i argumentują za dokładną charakterystyką powiązanych sieci sygnalizacyjnych w celu ułatwienia rozwoju terapeutycznego. Podobieństwo genetyczne i kliniczne pomiędzy glejakiem o niższym stopniu zaawansowania a IDH typu dzikiego i glejakiem pierwotnym wspiera potencjalne włączenie tego rodzaju glejaka niższego stopnia do szerokiego spektrum badań klinicznych i protokołów leczenia związanych z glejakiem. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 15”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 14

Wydaje się, że wdrożenie tego rodzaju systemu może zmniejszyć rozpoznanie oligoastrocytoma i zamieszanie związane z jego zarządzaniem klinicznym. Innym istotnym odkryciem było to, że nowotwory z IDH typu dzikiego były molekularne i klinicznie odrębne od podtypów ze zmutowanym IDH, z których większość wykazuje uderzające podobieństwo do pierwotnego glejaka na wszystkich platformach analitycznych. Odkrycia te sugerują, że glejaki niższego stopnia z IDH typu dzikiego prawdopodobnie będą bezpośrednimi prekursorami glioblastoma z IDH typu dzikiego, ponieważ mediana przeżycia związanego z tego rodzaju glejakiem niższego stopnia była tylko nieco dłuższa niż glejaka związanego z tym typem. glejaka (Figura 6B). Alternatywnie, takie nowotwory mogłyby reprezentować glejaki, które nie zostały całkowicie pobrane podczas operacji, w którym to przypadku ostateczna klasyfikacja histologiczna byłaby wykluczona. Z praktycznego punktu widzenia błędy próbkowania stanowią wyzwanie w chirurgicznej neuropatologii, niezależnie od statusu, klasy lub stopnia IDH, ponieważ histologiczna diagnoza jest ograniczona do wyników pod mikroskopem. Tak więc klasyfikacja molekularna oparta na statusie IDH-1p / 19q stanowi poprawę w praktyce diagnostycznej, ponieważ umożliwia identyfikację agresywnej klinicznie formy glejaka niższego stopnia (z IDH typu dzikiego) przy braku kryteriów morfologicznych dla glejaka.15 , 17
Nasza analiza wyników klinicznych wykazała, że osoby z glejakami o niższym stopniu złośliwości z mutacją IDH i bez kodowania 1p / 19q miały krótszy całkowity czas przeżycia niż ci, którzy mieli glejaki niższego stopnia z mutacją IDH z kodonem, ale obie te grupy miały znacznie dłuższe przeżycie całkowite niż u osób z glejakami o niższym stopniu zaawansowania z IDH 15 typu dzikiego. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 14”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 13

Konkluzję opieramy na wynikach nienadzorowanej analizy platform molekularnych genomu, w których zidentyfikowaliśmy trzy spójne klasy nowotworów, które miały wyraźne zachowanie kliniczne i były zgodne z IDH, 1p / 19q i stanem TP53 w większym stopniu niż z klasą histologiczną. . Trzy nie rozpakowujące się podtypy molekularne destylowane z sześciu kombinacji histologicznych i klasowych stanowią podstawę dla odtwarzalnej i klinicznie odpowiedniej klasyfikacji, która włącza dane molekularne do diagnostyki patologicznej, zgodnie z planem zbliżającej się rewizji klasyfikacji WHO nowotworów mózgu.39,40 Dokładniej, zaobserwowaliśmy, że dwie niezależne, integracyjne analizy genomewidów niezależnie odsłaniają trzy podstawowe klasy chorób glejaka o niższym stopniu złośliwości, najlepiej reprezentowane przez IDH i status 1p / 19q; że glejaki niższego stopnia z mutacją IDH miały kodowanie 1p / 19q lub mutację TP53 w sposób wzajemnie wykluczający, co wskazuje na ścisłą dychotomię molekularną; oraz że większość glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego wykazała znaczące podobieństwo genomowe i kliniczne do glejaka pierwotnego (typu dzikiego typu). Liczne badania wykazały, że klasyfikacja histopatologiczna glejaków rozproszonych jest podatna na duże różnice międzyobserwowe, koreluje niespójnie z markerami genetycznymi i niedoskonale prognozuje wyniki kliniczne.9,10 Podobnie jak inni, stwierdziliśmy, że glejaki niższego stopnia z mutacją IDH i 1p / Karkonja 19q miała charakter histologiczny klasy oligodendrogleju i wiązała się z korzystnymi skutkami.1,4,14,18,24,49 Jednak glejaki niższego stopnia z IDH typu dzikiego i te ze zmutowanym IDH i brakiem kodowania 1p / 19q miały znaczne znaczenie. reprezentacja ze wszystkich trzech klas histologicznych (gwiaździak, oligodendroglej i oligoastrocytoma), która podkreśla niezgodność między markerami histologicznymi i genetycznymi. Dla porównania, dwie nienadzorowane metody, które łączyły wielopłaszczyznowe dane molekularne (CoC i OncoSign) dały silną korelację ze statusem IDH-1p / 19q (skorygowany indeks Rand, odpowiednio 0,79 i 0,83), co pokazało, że klasyfikacja molekularna bardziej precyzyjnie scharakteryzowała klasy biologiczne choroby niż klasyfikacja histologiczna.
Ponadto, podczas gdy oligodendrogliomy zazwyczaj miały kodowanie p / 19q, a gwiaździaki zazwyczaj nie występowały, oligoastrocytomy były rozdzielane pomiędzy trzy podtypy molekularne bez cechy molekularnej je rozróżniającej. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 13”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 12

Całkowity czas przeżycia wśród pacjentów z LGG, którzy są klasyfikowani zgodnie z mutacją IDH i stanem kodowania 1p / 19q. Uwzględniono również próbki GBM sklasyfikowane według statusu mutacji IDH. Wyniki analizy dostosowanej do wieku przedstawiono w tabeli S2 w dodatkowym dodatku 1, a dalszy podział według typu histologicznego, stopnia i podtypu molekularnego przedstawiono na fig. S22 w dodatkowym dodatku 1. Pacjenci, którzy mieli glejaki niższego stopnia z IDH typu dzikiego byli starsi od tych, którzy mieli glejaki niższego stopnia ze zmutowanym IDH i częściej mieli rodzinną historię raka (Tabela 1, i Tabela S2 w Dodatkowym dodatku 1). Również anatomiczne umiejscowienie guzów różniło się; glejaki niższego stopnia ze zmutowanym IDH pojawiały się częściej w płatach czołowych niż te z IDH typu dzikiego (P <0,05). Wśród pacjentów, u których dostępne były dane kliniczne, 77 z 250 (31%) miało nawrót guza, a 60 z 289 (21%) zmarło w czasie analizy. Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 12”

Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 11

Zaobserwowano nadekspresję HER2 potencjalnego celu terapeutycznego w nowotworach z IDH typu dzikiego. Wśród glejaków niższego stopnia ze zmutowanym IDH obserwowaliśmy wyższą ekspresję kinazy białkowej tyrozyny SYK, E-kadheryny i aneksyny w grupie bez kodowania 1p / 19q. Wśród glejaków niższego stopnia z mutacją IDH i kodowaniem 1p / 19q odnotowaliśmy wyższe poziomy HER3 z fosforylowaną resztą tyrozyny w pozycji 1289, markerem, który potencjalnie nadaje oporność na inhibitory kinaz PI3. Od podpisów do ścieżek
Aby uzyskać wgląd w szlaki sygnałowe, przeprowadziliśmy zintegrowaną analizę mutacji, ogniskowej zmiany liczby kopii, wariantów strukturalnych i fuzji wpływających na geny kodujące receptorowe kinazy tyrozynowe (EGFR, PDGFRA, MET i FGFR), podjednostki kinazy PI3, kinazy MAP NF1 i BRAF, składniki szlaków p53 i RB1 (MDM2, MDM4, MDM1, CDKN2A i CDKN2B [określane dalej jako CDKN2A / B] i CDKN2C) i ATRX. Zmiany w obrębie tych loci były niezwykle podobne pod względem częstotliwości pomiędzy glejakami niższego stopnia z IDH typu dzikiego i glejakami z IDH typu dzikiego, ale nie pomiędzy tymi grupami a innymi podtypami glejaka niższego stopnia (Figura 5B i Fig. S21E w Dodatkowym Dodatku 1) .22 W sumie 43% glejaków niższego stopnia z IDH typu dzikiego i 53% glejaków z IDH typu dzikiego miało zmiany EGFR, przy czym amplifikacja EGFR była najczęstszą aberracją w obu (ryc. S21 w dodatku uzupełniającym 1). Read more „Kompleksowa, integratywna analiza genomowa glejaków rozproszonych niższego stopnia AD 11”

Oparta na Tenofowirie profilaktyczna profilaktyka zakażeń wirusem HIV wśród kobiet afrykańskich AD 6

Gdy tych 22 uczestników zostało wykluczonych, częstość zakażenia HIV wynosiła 5,7 na 100 osobo-lat (0,8 do 9,9 na 100 osobo-lat w zależności od miejsca). Częstość występowania była najwyższa wśród uczestników, którzy byli młodsi niż 25 lat (8,0 na 100 osobolat) i wśród tych, którzy byli niezamężni (7,2 na 100 osobolat). Tabela 3. Tabela 3. Podstawowe wyniki skuteczności. Rysunek 2. Rysunek 2. Read more „Oparta na Tenofowirie profilaktyczna profilaktyka zakażeń wirusem HIV wśród kobiet afrykańskich AD 6”